Thủ Tục Nhập Khẩu Cà Phê Hạt 2026: Mã HS, Thuế, Kiểm Dịch Thực Vật

Nhập khẩu cà phê hạt về Việt Nam chịu kiểm soát cả về kiểm dịch thực vật lẫn an toàn thực phẩm. Nắm đúng thủ tục nhập khẩu cà phê hạt giúp doanh nghiệp tránh chi phí lưu bãi và rủi ro lô hàng không đạt. Bài viết cập nhật theo các văn bản đang có hiệu lực năm 2026.

Tóm tắt nhanh (cập nhật ngày 12/09/2026):

• Cà phê nhân chưa rang khai mã 0901.11.20 (Arabica), 0901.11.30 (Robusta), 0901.11.90 – thuế nhập khẩu ưu đãi 15%; loại đã khử caffeine chưa rang (0901.12) 20%; cà phê đã rang (0901.21, 0901.22) 30%.
• Cà phê nhân chưa rang không chịu thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu; cà phê đã rang, xay là thực phẩm chế biến, chịu 8% đến hết 31/12/2026.
• Phải có Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật (Phytosanitary Certificate) bản gốc của nước xuất khẩu và đăng ký kiểm dịch thực vật khi hàng về.
• Danh mục vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật hiện theo Thông tư 14/2024/TT-BNNPTNT (hiệu lực 15/12/2024, thay Thông tư 30/2014/TT-BNNPTNT).
• Kiểm tra nhà nước về an toàn thực phẩm theo Nghị định 46/2026/NĐ-CP – văn bản thay thế Nghị định 15/2018/NĐ-CP.

I. Chính sách pháp lý và quy định nhập khẩu cà phê hạt

Cà phê hạt không thuộc danh mục hàng cấm nhập khẩu, nhưng là hàng phải kiểm tra chuyên ngành.

1.1. Các văn bản đang áp dụng

• Thông tư 14/2024/TT-BNNPTNT ban hành Danh mục vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật và Danh mục vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật phải phân tích nguy cơ dịch hại trước khi nhập khẩu vào Việt Nam, hiệu lực từ 15/12/2024, thay thế Thông tư 30/2014/TT-BNNPTNT.
• Nghị định 46/2026/NĐ-CP ngày 26/01/2026 quy định chi tiết thi hành Luật An toàn thực phẩm, thay thế Nghị định 15/2018/NĐ-CP; tiếp tục có hiệu lực từ 16/4/2026 theo Nghị quyết 09/2026/NQ-CP. Kèm theo là Nghị quyết 66.13/2026/NQ-CP về công bố, đăng ký sản phẩm thực phẩm.
• Nghị định 26/2023/NĐ-CP về biểu thuế xuất khẩu, biểu thuế nhập khẩu ưu đãi.
• Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
• Thông tư 38/2015/TT-BTC về thủ tục hải quan, sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC và Thông tư 121/2025/TT-BTC.
• Nghị định 37/2026/NĐ-CP ngày 23/01/2026 (Chương IV – nhãn hàng hóa), thay thế Nghị định 43/2017/NĐ-CP và Nghị định 111/2021/NĐ-CP từ ngày 23/01/2026.

1.2. Các loại cà phê hạt thường nhập khẩu

Thị trường Việt Nam nhập Arabica, Robusta từ Brazil, Ethiopia, Colombia, Indonesia… Trạng thái hàng (cà phê nhân xanh chưa rang hay cà phê đã rang) quyết định cả mã HS, thuế suất lẫn nghĩa vụ thuế giá trị gia tăng, nên cần khai đúng ngay từ hợp đồng.

II. Mã HS Code và biểu thuế nhập khẩu cà phê hạt

Lưu ý khi tính thuế:

• Thuế giá trị gia tăng: cà phê nhân chưa rang là sản phẩm cây trồng chỉ qua sơ chế thông thường nên không chịu thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu (khoản 1 Điều 5 Luật 48/2024/QH15; khoản 1 Điều 4 Nghị định 181/2025/NĐ-CP liệt kê làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, tách hạt… là sơ chế thông thường). Khi bán ra trong nước áp dụng thuế suất 5% theo điểm d khoản 2 Điều 9 của Luật. Cà phê đã rang, xay là thực phẩm chế biến, áp dụng 8% đến hết 31/12/2026 theo Nghị quyết 204/2025/QH15.
• Thuế thông thường bằng 150% thuế ưu đãi theo khoản 2 Điều 3 Quyết định 15/2023/QĐ-TTg.
• Có chứng từ chứng nhận xuất xứ hợp lệ theo ATIGA, CPTPP, EVFTA… thì áp mức ưu đãi đặc biệt của hiệp định tương ứng.
• Nguồn: Phụ lục II Nghị định 26/2023/NĐ-CP, Chương 9, tra ngày 12/09/2026.

III. Kiểm dịch thực vật và kiểm tra an toàn thực phẩm

3.1. Đăng ký kiểm dịch thực vật

Trước khi hàng về cảng, doanh nghiệp đăng ký kiểm dịch thực vật trên Cổng thông tin một cửa quốc gia. Hồ sơ gồm:

• Giấy đăng ký kiểm dịch thực vật theo mẫu.
• Phytosanitary Certificate bản gốc do cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu cấp – thiếu hoặc sai sót thì lô hàng không được thông quan.
• Hợp đồng, hóa đơn thương mại, phiếu đóng gói, vận đơn.

Cơ quan kiểm dịch thực vật kiểm tra và lấy mẫu để phát hiện côn trùng, nấm mốc, dịch hại. Trường hợp vật thể thuộc danh mục phải phân tích nguy cơ dịch hại trước khi nhập khẩu (Thông tư 14/2024/TT-BNNPTNT), phải hoàn tất bước phân tích nguy cơ trước khi được phép nhập.

3.2. Kiểm tra nhà nước về an toàn thực phẩm

Theo Nghị định 46/2026/NĐ-CP, mỗi lô hàng phải đăng ký kiểm tra nhà nước về an toàn thực phẩm (hồ sơ theo Điều 24). Ba phương thức và thời hạn (Điều 21, Điều 25):

• Kiểm tra giảm: chỉ kiểm tra hồ sơ, ra thông báo trong 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ.
• Kiểm tra thông thường: kiểm tra hồ sơ, thực trạng hàng hóa và lấy mẫu; kết quả kiểm nghiệm trong 07 ngày làm việc kể từ ngày hàng về cửa khẩu, cộng 01 ngày làm việc ra thông báo.
• Kiểm tra chặt: thời hạn kiểm nghiệm 09 ngày làm việc, cộng 01 ngày ra thông báo.

Mặt hàng có 03 lần nhập khẩu liên tiếp đạt yêu cầu trong 12 tháng theo phương thức thông thường được chuyển sang kiểm tra giảm, tối đa 12 tháng (Điều 23). Với sản phẩm phải công bố, doanh nghiệp thực hiện đăng ký bản công bố hợp quy (nếu có quy chuẩn kỹ thuật) hoặc công bố tiêu chuẩn áp dụng theo Nghị quyết 66.13/2026/NQ-CP.

IV. Bộ hồ sơ hải quan nhập khẩu cà phê hạt

• Tờ khai hải quan nhập khẩu (khai điện tử qua ECUS/VNACCS).
• Hóa đơn thương mại, phiếu đóng gói, vận đơn, hợp đồng.
• Chứng từ chứng nhận xuất xứ để hưởng ưu đãi thuế (nếu có).
• Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật bản gốc của nước xuất khẩu và Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu do cơ quan kiểm dịch Việt Nam cấp.
• Giấy đăng ký kiểm tra thực phẩm nhập khẩu và Thông báo kết quả xác nhận thực phẩm đạt yêu cầu nhập khẩu (Mẫu số 02 Phụ lục I Nghị định 46/2026/NĐ-CP).
• Hồ sơ công bố sản phẩm còn hiệu lực (nếu hàng để kinh doanh dạng bao gói sẵn).

V. Quy trình 5 bước thực hiện

Bước 1: Khai báo tờ khai hải quan

Lên tờ khai điện tử dựa trên bộ chứng từ; mã HS và trị giá tính thuế phải chính xác để tránh bị tham vấn giá.

Bước 2: Đăng ký kiểm tra chuyên ngành

Đăng ký kiểm dịch thực vật và kiểm tra an toàn thực phẩm trên Cổng thông tin một cửa quốc gia.

Bước 3: Mở tờ khai và lấy mẫu

Tùy phân luồng: luồng vàng kiểm tra hồ sơ, luồng đỏ kiểm tra thực tế hàng hóa. Cán bộ kiểm dịch lấy mẫu tại cảng để kiểm tra dịch hại; cơ sở kiểm nghiệm lấy mẫu kiểm tra chỉ tiêu an toàn thực phẩm.

Bước 4: Thông quan

Nộp kết quả kiểm dịch thực vật và thông báo kết quả an toàn thực phẩm đạt yêu cầu cho cơ quan hải quan để hoàn tất thông quan.

Bước 5: Vận chuyển về kho và ghi nhãn

Hàng về kho để sản xuất hoặc kinh doanh; nhãn phụ tiếng Việt phải được bổ sung trước khi đưa hàng ra lưu thông.

VI. Những lưu ý quan trọng

6.1. Nhãn hàng hóa

Theo khoản 2 Điều 42 Nghị định 37/2026/NĐ-CP, khi thông quan nhãn gốc chỉ cần thể hiện tên hàng hóa, xuất xứ và tên hoặc tên viết tắt của nhà sản xuất; nhãn phụ tiếng Việt được bổ sung sau thông quan, trước khi đưa hàng ra lưu thông.

6.2. Kiểm soát độ ẩm và bảo quản

Cà phê hạt rất nhạy với độ ẩm. Container không được xử lý chống ẩm tốt dễ khiến hạt bị mốc, mẫu kiểm dịch không đạt và lô hàng có thể phải tái xuất hoặc tiêu hủy.

6.3. Thời điểm cấp Phytosanitary Certificate

Chứng thư kiểm dịch thực vật nên được cấp trước hoặc tại thời điểm hàng rời cảng đi; chứng thư cấp sau ngày tàu chạy thường bị từ chối.

VII. Câu hỏi thường gặp

Cà phê nhân nhập khẩu có chịu thuế giá trị gia tăng không?

Không, ở khâu nhập khẩu. Cà phê nhân chưa rang là sản phẩm cây trồng chỉ qua sơ chế thông thường nên thuộc đối tượng không chịu thuế; khi bán ra trong nước áp dụng 5%.

Thuế nhập khẩu cà phê hạt là bao nhiêu?

15% với cà phê nhân chưa rang chưa khử caffeine, 20% với loại đã khử caffeine chưa rang và 30% với cà phê đã rang. Có chứng từ chứng nhận xuất xứ thì áp mức ưu đãi đặc biệt theo hiệp định.

Cà phê hạt có phải kiểm dịch thực vật không?

Có. Doanh nghiệp phải đăng ký kiểm dịch thực vật và nộp Phytosanitary Certificate bản gốc của nước xuất khẩu. Danh mục vật thể thuộc diện kiểm dịch hiện theo Thông tư 14/2024/TT-BNNPTNT.

Có cần công bố sản phẩm không?

Cà phê nhân nhập khẩu làm nguyên liệu sản xuất thì không phải công bố sản phẩm; cà phê rang, xay đóng gói sẵn để bán ra thị trường thì phải thực hiện công bố theo Nghị định 46/2026/NĐ-CP hoặc Nghị quyết 66.13/2026/NQ-CP tùy sản phẩm đã có quy chuẩn kỹ thuật hay chưa.

Bài viết liên quan cùng nhóm hàng:

• Thủ Tục Nhập Khẩu Thịt Bò Đông Lạnh
• Thủ Tục Nhập Khẩu Thịt Heo Đông Lạnh Mới Nhất
• Thủ Tục Xuất Khẩu Gạo
• Thủ Tục Xuất Khẩu Cà Phê Hạt

VIII. Vì sao chọn Vestal Shipping

• Đội ngũ am hiểu chính sách mặt hàng nông sản và quy định kiểm dịch thực vật.
• Tư vấn mã HS, chứng từ chứng nhận xuất xứ để tối ưu số thuế phải nộp.
• Theo sát tiến độ kiểm dịch và kiểm tra an toàn thực phẩm, hạn chế phát sinh phí lưu container.
• Cung cấp dịch vụ khai báo hải quan và logistics trọn gói từ kho nước ngoài về kho Việt Nam.

Kết luận

Thủ tục nhập khẩu cà phê hạt năm 2026 xoay quanh ba việc: chuẩn bị đúng Phytosanitary Certificate, đăng ký kiểm dịch thực vật cùng kiểm tra an toàn thực phẩm, và khai đúng mã HS để áp đúng thuế. Cần hỗ trợ cho lô hàng cụ thể, hãy liên hệ Vestal Shipping.