I. Trả lời nhanh: kiểm tra sau thông quan là gì, bao lâu một lần?
Kiểm tra sau thông quan (KTSTQ) là việc cơ quan hải quan kiểm tra hồ sơ hải quan, sổ kế toán, chứng từ và cả hàng hóa (nếu còn) sau khi lô hàng đã thông quan. Luật không quy định doanh nghiệp bị kiểm tra định kỳ bao lâu một lần; hải quan được kiểm tra bất kỳ tờ khai nào trong vòng 05 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai. Căn cứ Điều 77, 78 Luật Hải quan (văn bản hợp nhất 2026):
- Kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan hoặc trụ sở người khai (trụ sở chính, chi nhánh, cửa hàng, nơi sản xuất, nơi lưu giữ hàng).
- Ba trường hợp kiểm tra: có dấu hiệu vi phạm; trên cơ sở quản lý rủi ro; kiểm tra việc tuân thủ pháp luật của người khai (theo kế hoạch kiểm tra hằng năm).
II. Hai hình thức kiểm tra sau thông quan
| Nội dung | Tại trụ sở cơ quan hải quan | Tại trụ sở doanh nghiệp |
|---|---|---|
| Phạm vi | Hóa đơn, chứng từ vận tải, hợp đồng, C/O, chứng từ thanh toán, tài liệu kỹ thuật liên quan hồ sơ đang kiểm tra (Điều 79 Luật) | Hồ sơ hải quan, sổ kế toán, chứng từ kế toán, dữ liệu; thực tế hàng hóa nếu cần và còn điều kiện (Điều 77, 80 Luật) |
| Thời gian kiểm tra | Tối đa 05 ngày làm việc | Tối đa 10 ngày làm việc, gia hạn một lần không quá 10 ngày làm việc |
| Gửi quyết định | Trong 03 ngày làm việc kể từ ngày ký và chậm nhất 05 ngày làm việc trước ngày kiểm tra. Kiểm tra tại doanh nghiệp vì có dấu hiệu vi phạm: giao quyết định trực tiếp khi công bố, không báo trước (điểm a.3 k3 Điều 143 TT 38/2015 sửa đổi) | |
| Kết quả | Thông báo kết quả trong 05 ngày làm việc từ ngày kết thúc | Biên bản trong 05 ngày làm việc; kết luận trong 15 ngày từ ngày kết thúc kiểm tra |
Hồ sơ phát sinh trong 60 ngày kể từ ngày thông quan có thể được kiểm tra tại trụ sở hải quan ở cấp đội; hồ sơ trong 05 năm do cấp chi cục khu vực quyết định (khoản 1 Điều 142 Thông tư 38/2015, sửa bởi Thông tư 121/2025/TT-BTC). Lô hàng giống hệt, tương tự lô đã kiểm tra và được chấp nhận thì không kiểm tra lại nếu không có thông tin mới.
III. Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì?
- Bộ hồ sơ hải quan từng tờ khai: tờ khai, hợp đồng, hóa đơn, phiếu đóng gói, vận đơn, C/O, giấy phép, kết quả kiểm tra chuyên ngành.
- Chứng từ thanh toán (ủy nhiệm chi, L/C, sao kê) khớp trị giá khai báo — đây là điểm hay bị đối chiếu khi kiểm tra trị giá.
- Sổ kế toán, chứng từ kế toán: nhập kho, xuất kho, giá vốn, khoản phí bản quyền, hoa hồng, chi phí vận chuyển phải cộng vào trị giá.
- Tài liệu kỹ thuật, catalogue để chứng minh mã HS đã khai.
- Với gia công, sản xuất xuất khẩu: định mức, báo cáo quyết toán, số liệu tồn kho nguyên liệu.
- Người đại diện có thẩm quyền làm việc với đoàn kiểm tra; hải quan có thể gửi thông báo nội dung cần chuẩn bị (mẫu 13/CBTL).
Các trường hợp hải quan xử lý sau khi kiểm tra gồm: chứng từ không hợp pháp; hồ sơ mâu thuẫn với sổ kế toán mà không giải trình được; không cung cấp hoặc trì hoãn cung cấp tài liệu; khai sai ảnh hưởng thuế, chính sách; hàng không đáp ứng tiêu chí xuất xứ (điểm c.4.2 khoản 3 Điều 143).
IV. Mức phạt liên quan
| Hành vi | Mức phạt (tổ chức) | Căn cứ — NĐ 169/2026 |
|---|---|---|
| Cung cấp hồ sơ, chứng từ, dữ liệu không đầy đủ, không đúng thời hạn | 4 – 10 triệu đồng | Điểm b k3 Điều 12 |
| Không xuất trình hàng còn lưu giữ là đối tượng KTSTQ để hải quan kiểm tra | 4 – 10 triệu đồng | Điểm a k3 Điều 12 |
| Không chấp hành quyết định kiểm tra của cơ quan hải quan | 8 – 12 triệu đồng | K4 Điều 12 |
| Không cung cấp hồ sơ, chứng từ, tài liệu, dữ liệu điện tử | 20 – 30 triệu đồng | Điểm b k5 Điều 12 |
| KTSTQ phát hiện khai sai dẫn đến thiếu thuế | 20% số thuế thiếu (chung cho cá nhân, tổ chức) + nộp đủ thuế | Điểm b k3 Điều 10 |
Cá nhân bị phạt bằng 1/2 mức tổ chức với các hành vi tại Điều 12. Không chấp hành quyết định kiểm tra còn bị cập nhật vào hệ thống để áp dụng kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế với các lô xuất nhập khẩu tiếp theo (Điều 142, 143 Thông tư 38/2015 sửa đổi).
📦 Cần tư vấn dịch vụ vận chuyển & hải quan? Liên hệ ngay:
V. Tự rà soát trước để giảm rủi ro
- Trong 60 ngày kể từ ngày thông quan và trước khi có quyết định KTSTQ: tự khai bổ sung sai sót thì không bị phạt (điểm a khoản 2 Điều 7 Nghị định 169/2026).
- Sau 60 ngày nhưng trước quyết định KTSTQ: tự khai bổ sung làm tăng thuế bị phạt 10% số thuế thiếu (điểm b khoản 2 Điều 10) — vẫn nhẹ hơn mức 20% nếu bị phát hiện khi kiểm tra.
- Xem cách sửa: sửa tờ khai hải quan sau thông quan.
VI. Tình huống minh họa
Doanh nghiệp nhập nguyên liệu nhựa, mỗi năm trả phí bản quyền cho công ty mẹ nhưng không cộng vào trị giá tính thuế. Hai năm sau, hải quan ra quyết định kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp, báo trước 5 ngày làm việc. Đoàn kiểm tra đối chiếu sổ kế toán, phát hiện khoản phí bản quyền liên quan đến hàng nhập khẩu. Kết luận: truy thu thuế nhập khẩu, thuế GTGT trên khoản phí, phạt 20% số thuế thiếu và tiền chậm nộp. Nếu doanh nghiệp tự rà soát và khai bổ sung trước khi có quyết định kiểm tra, mức phạt chỉ là 10%. Xem thêm khai sai trị giá hải quan.
VII. FAQ
7.1. Kiểm tra sau thông quan có báo trước không?
Có, quyết định gửi chậm nhất 05 ngày làm việc trước ngày kiểm tra. Riêng kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp vì có dấu hiệu vi phạm thì giao quyết định trực tiếp khi công bố, không báo trước.
7.2. Hồ sơ hải quan phải lưu bao lâu?
05 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác (điểm đ khoản 2 Điều 18 Luật Hải quan); sổ sách, chứng từ kế toán lưu theo thời hạn của pháp luật kế toán. Vi phạm quy định lưu trữ hồ sơ, chứng từ, dữ liệu bị phạt 2 – 4 triệu đồng (điểm b khoản 2 Điều 12 Nghị định 169/2026).
7.3. Có được xin tạm dừng kiểm tra không?
Có thể gửi văn bản đề nghị tạm dừng; người ra quyết định kiểm tra xem xét. Tạm dừng do yếu tố khách quan tối đa 3 lần, mỗi lần không quá 05 ngày làm việc (Điều 144 Thông tư 38/2015 sửa bởi Thông tư 121/2025).
7.4. Không đồng ý kết luận kiểm tra thì làm gì?
Trong quá trình kiểm tra, doanh nghiệp có quyền giải trình, bổ sung tài liệu. Với kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp, hải quan gửi dự thảo kết luận trước khi ban hành (khoản 4 Điều 143 Thông tư 38/2015 sửa đổi). Người khai hải quan có quyền khiếu nại hành vi trái pháp luật của cơ quan hải quan (điểm e khoản 1 Điều 18 Luật Hải quan).
7.5. Doanh nghiệp mới có bị kiểm tra sau thông quan không?
Có thể, nếu hệ thống quản lý rủi ro đánh giá cần kiểm tra. Không có quy định miễn KTSTQ cho doanh nghiệp mới.
VIII. Liên hệ Vestal Shipping
Vestal hỗ trợ rà soát bộ hồ sơ hải quan, mã HS, trị giá trước khi đoàn kiểm tra làm việc và khai bổ sung sai sót đúng thời hạn. Xem dịch vụ khai báo hải quan.
- Zalo / điện thoại: 0913 792 345 · 0919 060 101
- Email: amy.tho@vestalshipping.com.vn
- Văn phòng: 157 Đào Duy Anh, Phường 9, Phú Nhuận, TP.HCM
Cập nhật theo Luật Hải quan (văn bản hợp nhất 54/VBHN-VPQH), Thông tư 38/2015/TT-BTC sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC, Thông tư 121/2025/TT-BTC và Nghị định 169/2026/NĐ-CP. Kết quả kiểm tra từng trường hợp do cơ quan hải quan quyết định.
📦 Cần tư vấn dịch vụ vận chuyển & hải quan? Liên hệ ngay:
